Vergraben Sie die wasserfeindlichen Rückstände zusammen und beobachten Sie, wie die Energie sinkt.
Sie erhalten eine Kette von Resten, von denen einige hydrophob (H) und andere nicht sind. Falten Sie es auf dem Gitter, sodass sich die hydrophoben Reste zu einem vergrabenen Kern zusammenballen – jedes nicht benachbarte H-H-Paar, das sich am Ende berührt, senkt die Energie der Struktur. Erreichen Sie die niedrigste Energie, um das Problem zu lösen.
Protein Fold ist ein biochemisches Rätsel, das darauf basiert, wie sich Proteine um einen hydrophoben Kern falten, das Prinzip, das Proteinen ihre Form verleiht.
Eine Kette aus hydrophoben und polaren Resten so zu falten, dass sich die hydrophoben in einem Kern vergraben, wobei jeder nicht benachbarte H-H-Kontakt gewertet wird, ist das HP-Gittermodell der Proteinfaltung.
Die vergrabenen Kontakte direkt zu werten, ist die originelle Vereinfachung.
Es ist eine drastische Vereinfachung, die die wesentliche Physik bewahrt. Der hydrophobe Effekt – unpolare Gruppen lagern sich zusammen, weil das die Entropie des umgebenden Wassers maximiert – ist die dominierende Kraft, die ein Protein in Form bringt, sodass ein Modell, das kaum etwas anderes enthält, dennoch erkennbar proteinartige Faltungen hervorbringt.
Protein Fold ist ein biochemisches Puzzle, das auf Proteinfaltungsmodellen mit hydrophobem Kern basiert. Es handelt sich um ein originelles, kostenloses Browserspiel, das eigens für PlayPendium entwickelt wurde.